Ekzistojnë disa njolla të ndryshme që mund të përdoren për të vizualizuar dhe fotografuar ADN-në pasi materiali është ndarë nga elektroforeza e xhelit. Ndër zgjedhjet e shumta, këto pesë lloje janë fillimi më i zakonshëm me bromidin e Etidit, i cili është më i përdorur gjerësisht. Kur punoni me këtë proces, është e rëndësishme jo vetëm që të njihni dallimet midis shtameve, por edhe rreziqeve të natyrshme të shëndetit.
01 Etidium Bromide
Bromidi i etidit ka gjasa ngjyrën më të njohur të përdorur për të vizualizuar ADN-në. Kjo ngjyrë mund të përdoret në përzierjen e xhelit, në thithjen e elektroforetës ose të njolloset xhel pasi të jetë drejtuar. Molekulat e bojës i përmbahen fijeve të ADN-së dhe ndriçojnë nën dritën UV, duke treguar saktësisht se ku janë brezat brenda xhelit. Përkundër përparësisë së saj, dobësia është se bromidi i etidit është një kancerogjen potencial, prandaj duhet të trajtohet me kujdes të madh. Për shkak të rreziqeve të mundshme shëndetësore për të punuar me këtë xhel, janë gjetur alternativa. 02 SYBR Gold
Ngjyra e SYBR Gold mund të përdoret për të njollosur ADN të dyfishtë ose të vetme, ose për të njollosur ARN. SYBR Gold ishte një nga alternativat e para të bromidit të etidit për të goditur tregun dhe konsiderohet më i ndjeshëm se bromidi i etidit. Bojë ekspozon 1000 herë më të madhe të ndriçimit UV sapo të lidhet me acidet nukleike. Pastaj depërton në gela agaroze me trashësi dhe përqindje të lartë dhe mund të përdoret në gels formaldehide. Për shkak se fluorescenca e molekulës së palidhur është kaq e ulët, nuk kërkohet destaining. Probeset molekulare të mbajtësit të licencave gjithashtu (që nga fillimi i SYBR Gold) kanë zhvilluar dhe tregtuar SYBR Safe dhe SYBR Green, të cilat janë alternativa më të sigurta ndaj bromidit etidium.
03 SYBR Green
Njollat SYBR Green I dhe II (përsëri, të tregtuara nga Sondat molekulare) janë optimizuar për qëllime të ndryshme. Për shkak se ato lidhen me ADN-në, ato ende konsiderohen mutagjene të mundshme dhe për këtë arsye ato duhet të trajtohen me kujdes. SYBR Green I është më e ndjeshme për përdorim me ADN me dy brazdat, ndërsa SYBR Green II, nga ana tjetër, është më e mira për përdorim me ADN me një bllokim ose ARN. Ashtu si njollat popullore Ethidium Bromide, këto njolla shumë të ndjeshme ndriçojnë nën dritën UV. 04 SYBR Safe
SYBR Safe është dizajnuar të jetë një alternativë më e sigurt për Ethidium Bromide dhe njollat e tjera SYBR. Nuk konsiderohet si mbeturina e rrezikshme dhe në përgjithësi mund të deponohen përmes sistemeve të rregullta të kanalizimeve (dmth poshtë kullimit), sepse testimi i toksicitetit tregon se nuk ka toksicitet akut. Testimi gjithashtu tregon se ka pak ose aspak genotoxicitet në qelizat siriane të Hamster Embryo (SHE), limfociteve të njeriut, qelizave të limfomës së miut dhe në testin AMES. Njollë mund të përdoret me një transilluminator të dritës blu që shkakton më pak dëmtim të ADN-së që vizualizohet dhe ofron efikasitet më të mirë për klonimin e mëvonshëm. 05 Eva Green
Eva Green është një ngjyrë e gjelbër fluoreshente që është gjetur të pengojë PCR në një masë më të vogël se ngjyra të tjera. Kjo e bën shumë të dobishëm për aplikime si sasiore në kohë reale PCR. Është gjithashtu një zgjedhje e mirë nëse jeni duke përdorur gels me pikë të ulët të shkrirjes për rikuperimin e ADN-së. Është shumë e qëndrueshme në temperatura të larta dhe ka një ndriçim të ulët fluoreshent, por është shumë fluoreshent kur lidhet me ADN-në. Eva Green gjithashtu është demonstruar se ka shumë citotoksicitet ose mutagjenitet të ulët.